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Die große Orgel der Stiftskirche wurde 1772/73 von Anton Pfliegler errichtet und von Johann M. Kaufmann gegen Ende des 19. Jahrhunderts umgebaut. Nach schweren Beschädigungen in den 1940er Jahren wurde sie 1950/51 von der Firma Rieger instandgesetzt und 1977 erweitert. Sie ist mit mechanischer Spiel- und Registertraktur ausgestattet und umfasst 26 Register auf zwei Manualen und Pedal.
Außerdem steht ein von Henk Klop 2014 errichtetes, ebenfalls rein mechanisches Instrument als Chororgel zur Verfügung. Diese verfügt über 7 Register auf zwei Manualen und Pedal und besteht ausschließlich aus Holzpfeifen.
In der Filialkirche zum hl. Nikolaus in Fuglau befindet sich ebenfalls eine Orgel: Ihr Gehäuse kann nicht datiert werden, beim eingebauten Orgelwerk handelt es sich im Wesentlichen um ein Instrument aus der Werkstätte Gregor Hradetzkys.